A API é aberta e descrita nos endpoints, não precisa usar SDK... nós não usamos na nossa integração, apesar deles terem um SDK Golang.
Aonde colocar o certificado é uma questão do seu ambiente local, pq o certificado é usado para estabelecer a conexão... mas sim, se seu ambiente tem uma opção certificate no payload, tem grande cara de ser aí mesmo.
E sim, sem o certificado nem fecha a conexão, então nem vai ter mensagem de erro da Efí, só do seu ambiente local.
