Atualmente não é possível.
Caso tenha sido enviado o atributo configurations no momento da criação do boleto, irá ser aplicado esses valores.
Caso o atributo não tenha sido enviado, irá prevalecer o juros e multa configurado na conta https://app.sejaefi.com.br/configuracoes-da-conta/configuracoes-de-cobrancas/boletos-bancarios-e-carnes