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Ou deixar só duas instâncias mesmo por redundância com só uma atendendo, pq o webhook em si é um processamento bem leve.

O SDK eu não sei, mas a API não tem problema com gerar 36 tokens de acesso e fazer as requisições sem fatores blocantes de concorrência. Mas a parte assíncrona, os webhooks, vai precisar de algum load-balancer para paralelizar, e o load-balancer em si é não paralelo.

eu teria que fazer os processos filhos se comunicarem com o processo pai, pra ele fazer tudo?

seriam 36 requisições simultâneas na inicialização, isso não daria problema?

em produção, tenho ~36 núcleos de processamento, costumo criar 1 instância pra cada núcleo

o SDK da Efí trabalha bem em ambientes clusterizados?